En 1502 en el mar de las Antillas o mar Caribe, Cristóbal Colón llevaba a cabo su último viaje en búsqueda de tierra firme y no solamente de islas. Navegando hacia el sur y viniendo de la Costa de lo que es hoy Honduras, después de pasar un cabo al cual llamó por la protección que le había dado, Cabo Gracias a Dios, bajó hasta la embocadura del Río Grande y de allí se dirigió guiado por la costa a la del río Rama, anclando en la isla de Bosby el 25 de septiembre: acababa de descubrir la Costa Atlántica de lo que hoy es Nicaragua.

En 1522 Gil González de Avila no habiendo obtenido la flota construida en el itsmo de Panamá por Nuñez de Balboa emprendió su expedición hacia el occidente y cuando apenas había recorrido cien leguas, saltó a tierra para reparar sus cuatro buques mientras tanto exploró parte de la actual república de Costa Rica, encontrandose con el cacique Nicoya quien le reveló la existencia de un país limítrofe abundante en bellezas naturales gobernado por el poderoso cacique Nicarao. Hacia Nicaraocalli, capital de aquel cacicazgo, alzó velas el conquistador español y de allí pudo contemplar un gran lago que los autónomos llamaban Cocibolca.

Francisco Hernández de Córdoba fundó Granada a orillas del Lago Cocibolca y León en los márgenes del Lago Xolotlán en 1524 y 1525 respectivamente. En 1570, la ciudad de León y sus habitantes pasan bajo la autoridad de la Gobernación de Guatemala. Los españoles de ambas ciudades se mantenían en conflictos que se prolongaron sin interrupción hasta los siglos XVI y XVII.

En 1610 una violenta erupción del volcán Momotombo situado a orillas del lago de Managua destruye la ciudad de León; entonces las autoridades locales, civiles y religiosas deciden trasladarla lejos del volcán al sitio donde está hoy. En cuanto a Granada, quedaba expuesta frecuentemente a otros tipos de daños: las bandas de piratas venidos a través de la costa Atlántica.

El espíritu de la Revolución Francesa alcaza pronto a América y los habitantes de la provincia española de Nicaragua como los de las provincias vecinas de la Capitanía General de Guatemala, en los que despierta la esperanza de liberarse del yugo de la lejana España. El 15 de septiembre de 1821, Centroamerica proclama en la ciudad de Guatemala el final de la dependencia de España.

Poco después de esa proclamación, un general mexicano, Iturbide anexa las provincias unidas de América Central al imperio de México y se da particularmente en Nicaragua, una división de las ciudades entre los partidarios de la rendición a este nuevo dueño y los partidarios apasionados, convencidos, incondicionales de la independencia.

Resulta una verdadera guerra civil que Guatemala consigue detener por su mediación. Pero reanudarán a menudo los conflictos y los habitantes con sus ciudades sufriran sus consecuencias durante largo tiempo.

La dominación mexicana no dura mucho y se acaba a finales de 1823. El 23 de noviembre de 1824 se firma la Constitución de la República Federal de América Central la cual consistía por cinco estados teniendo cada uno su asamblea legislativa, su poder ejecutivo y su poder judicial.

Por el tratado firmado el 25 de junio de 1850, España reconoce la independencia de Nicaragua.